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責任編輯:張聞宇
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合肥大基因中心打造全球生命科學高地
測序水平躋身全球先進行列 肺癌精准放射治療填補國內空白
來源:合肥在線 時間:2018-07-03 09:01:36 作者:
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  在美麗的半湯生物谷,合肥綜合性國家科學中心大基因中心揚帆起航。記者昨日從國家大基因中心舉行的科學家沙龍上獲悉,經過一年時間的發展,國家大基因中心圍繞測序、解碼、算法和應用打造基因完整產業鏈。目前,大基因中心的基礎研究和產業化發展體系已基本搭建完畢,一些科研成果正在形成並嶄露頭角,2019年將進入科研成果集中爆發期。

  基因研究『國家隊』牽手合肥大基因中心

  中國科學院北京基因組研究所是中國基因研究領域的『國家隊』,近日,中科院北京基因組研究所專家使用自帶的全基因組測序數據,對國家大基因中心綠色超算系統進行了測試。結果顯示,對於完成同一個全基因組測序(WGS)數據處理任務,目前業界絕大多數常規通用的超算單節點完成標准流程序列映射(mapping)需要8小時,而綠色超算系統單節點僅用18分鍾,運算速度是前者的27倍;變異檢測根據可選擇流程模塊,提高運算速度10-80倍。如此出眾的表現,讓專家們贊嘆不已。

  據了解,綠色超算系統基於獨有的GPU/CPU異構並行計算技術,一個綠色超算系統節點處理基因大數據能力約等同於100相似CPU配置服務器組成的集群處理能力,極具創新性和市場競爭力。

  極元科技CEO俞容山介紹說,超算體系是大基因中心發展的根本性支橕條件。記者了解到,在算法領域,合肥大基因中心構建了綠色超算系統,該系統比傳統算法的效率提高了一百多倍,打破了數據分析的瓶頸。

  2017年7月,在美國藥監局FDA舉辦的Precision FDA Hidden Treasure基因測序數據分析質量評比上,全球僅有10家機構/公司成功地檢測出所有的植入變異和他們對應的Variant Allele Frequency (VAF),其中就包括極元科技。在對其他變異的分析上,極元科技取得了總分第二好成績,科研實力邁入國際領先水平。

  作為基因研究『國家隊』,中國科學院北京基因組研究所和合肥大基因中心將開展三大重點工作,推進巢湖地區人群隊列研究、萬名企業家及區域性長壽人群隊列研究、生命與健康大數據中心巢湖災備數據庫建設。

  測序水平躋身全球先進行列

  合肥大基因中心規劃建設未名BIG聯合基因研究院、基因技術協同創新中心、基因產業創業園,目前集聚了基因測序、生物信息分析、綠色超算、DNA數據存儲、CAR-T細胞治療等領域眾多科學家與博士,成為安徽乃至中國基因研究與創新發展的生力軍。

  在測序領域,合肥大基因中心獨具優勢的高通量低成本基因檢測技術,致力於中國人基因大數據在健康管理與疾病風險評估領域的產業化應用,擁有世界上測序通量最大的Novaseq測序儀,能一次性完成60個人的全基因組重測序,目前在測序領域處於全球第一隊列水平。

  肺癌精准放射治療填補國內空白

  合肥大基因中心還在解碼領域取得非凡成就,其中在腫瘤精准治療領域取得了重大科研成果。

  據天佳基因CEO劉湘濤博士介紹,今年4月,他們已與中國人民解放軍總醫院放射治療科簽訂戰略合作協議,雙方共同研發的基於個體基因數據的肺癌精准放射治療方案,是基於臨床需求進行研發,並將科研成果再轉化應用到了臨床使腫瘤患者獲益,填補了國內外空白。目前,公司正將該成果進行國內外專利申報,相關的科研論文也即將投稿。

  天佳基因自主研發的針對肺癌、消化道腫瘤、婦科腫瘤三種腫瘤精准用藥檢測的基因包也將於近期完成研發並投產,可為醫生診療腫瘤患者提供精准用藥的輔助檢測報告。劉湘濤透露,年底還計劃啟動分子病理實驗室的建設,在對分子病理判斷這項工作上做得更精細。

  產業森林模式打造全球生命科學高地

  去年,俄羅斯白血病女孩羅娜不遠萬裡來到合肥,在安徽醫科大學第二附屬醫院,接受合肥大基因中心的CAR-T細胞治療技術,僅用了15天時間就完全緩解了體內的白血病細胞,到現在,小羅娜治療效果很好,體內尚未發現白血病細胞。這是合肥大基因中心在應用領域的具體應用。

  大基因中心正在發展CAR-T細胞治療、合成生物學、健康大數據管理等技術研究和產業發展。其中,在構建健康大數據體系的過程中,集聚了全球知名專家參與其中,比如邀請了美國印第安納大學精准健康計劃數據科學與信息學主任黃昆一起搭建健康大數據體系。

  據介紹,大數據的構建除了雲架構和算法之外,數據之間還要進行交互,交互後產生智能化診斷體系,應用領域許多基礎支橕性工作也正在穩步推進。

  『整個生物醫學的搭建,就像DNA的旅程,這個不是一個公司一個團隊能夠完成,從最開始DNA的提取、測序、計算、數據處理、解讀再到綜合應用,各個方面,合肥大基因中心都給我們提供了很好的平臺,吸引許多團隊的到來。』美國印第安納大學精准健康計劃數據科學與信息學主任黃昆曹文波博士介紹。

  合肥大基因中心主任曹文波博士介紹,半湯生物谷經過三年多的發展,從打造世界最大抗體藥生產基地,逐步昇級為全球生命科學高地,並首創了產業森林發展模式,將『陽光』(團隊)、『空氣』(企業文化)、『水』(資金)、『土壤』(政策與資產)、『種子』(項目庫)五大元素有機融合,形成了合作共享、共生共榮、協同發展的產業生態。目前通過引進全球知名院校博士,構建了基因測序、解碼、算法和應用的完整產業鏈。與中國科學院北京基因組所、中國科學院遺傳與發育學研究所共建國家大基因中心,打造國際一流的科研創新平臺,為構建全球生命科學高地提供了強大保障。

標簽: 編輯 鄧創
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